Una tradición muy arraigada que data del año 1531, las procesiones se hacían con el objetivo de evangelizar y más adelante el padre Luis Felipe Neri le dio realce al festejo por las penitencias que hacía cada Viernes Santo, desde el Santuario de Atotonilco al ahora Oratorio de San Felipe Neri.
La penitencia la hacía en solitario, con una corona de espinas en la cabeza y una cruz de en la espalda.
La Semana Mayor empieza con ésta emblemática tradición que sigue hoy en día, en donde una semana antes los feligreses se dirigen al Santuario de Atotonilco, donde se encuentra la imagen del Señor de la Columna y en la madrugada se la pasan en peregrinación, en donde al llegar a la ciudad las imagenes son recibidas con una misa, pirotécnia, arreglos florales y tapetes de colores.
La tradición se vive y se siente con más fuerza cada día que pasa de la semana, el Jueves Santo se celebra una misa donde en la escenificación Jesús les lava los pies a los Apóstoles como mensaje de servir a su prójimo, después se realiza la visita a las siete casas donde todos los templos en los cuáles está expuesto el Santísimo Sacramento de la ciudad, lucen sus mejores adornos y arreglos para impresionar a los visitantes.
El Viernes Santo se lleva a cabo el Santo Encuentro a medio día, donde se hace una representación del encuentro de Jesús cargando la cruz con su madre la Virgen María.
A las 5 de la tarde del Viernes en un ambiente de luto, la procesión del Santo Entierro comienza desde el templo de San Felipe Neri, los devotos llevan vestimentas contemporáneas y predominan los colores morados y negros. Durante la procesión se entonan cánticos como el Christius Factus entonado por un coro de niños sanmiguelenses y música sacra.
El Sábado de Gloria se realiza por la noche y los feligreses llevan velas en conmemoración al Fuego Nuevo
